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Com o crescente sucesso do NES, os dois resolveram criar algo inovador para o console. Tajiri transformou a revista em uma empresa, a Game Freak, e começou a trabalhar em um jogo. Lançado em 1989, o jogo de puzzle Mendel Palace (Conhecido no Japão como Quinty) fez um sucesso razoável e marcou o início da história da empresa.
No ano seguinte, os dois resolveram criar um jogo para o GAME BOY, que tinha feito um grande sucesso com TETRIS.
A produção durou dois meses. Neste meio tempo, a Nintendo já estava em declínio, e a Sony sem ideias para o portátil. Poucos da Game Freak acreditavam que o jogo faria sucesso e até mesmo por falta de recursos, as ações da empresa estavam em xeque com Pocket Monsters. Em fevereiro de 1996, é lançado POCKET MONSTERS. Inicialmente, os jogos não fizeram sucesso, mas à medida que os meses passavam mais unidades eram vendidas, até chegar a marca de um milhão de cópias em um ano.
A Nintendo, então, decidiu levar a série para o Ocidente. Porém, o nome foi rebatizado por Pokémon por existir uma série da mattel conhecida como Monster in My Pocket e também por ser lançado pouco depois do ataque epiléptico no Japão em virtude do episódio envolvendo porygon, um dos Pokémon. A série tornou-se um sucesso estrondoso nos Estados Unidos, com vendendo mais de 200.000 cópias na primeira semana.